Алексей Федорович Наганов родился в с. Красная Река Старомайнского р-на Ульяновской области. В Красной Армии с 1937, с 1939 учился в Минском пехотном училище. Накануне Отечественной войны служил в войсковой части в Брестской крепости. 22.6.1941 года лейтенант А. Ф. Наганов во главе взвода занял оборону в башне над Тереспольскими воротами. Тереспольское укрепление – важный оборонительный участок: оно прикрывало Цитадель с запада. В первый час войны на этот участок гитлеровцы бросили большое количество живой силы и техники.
Подробности гибели группы А. Ф. Наганова неизвестны. Но когда летом 1949 года при разборке завала на втором этаже башни обнаружили останки погибших, без труда можно было определить, что они пали на боевом посту. Рядом с останками – винтовки, в кармане гимнастерки А. Ф. Наганова – комсомольский билет, одна пуля – в патроннике пистолета, другая – в магазине. Рядом – стреляные гильзы.
Урна с прахом А. Ф. Наганова захоронена в некрополе мемориального комплекса «Брестская крепость-герой». Посмертно награждён орденом Отечественной войны I степени.